故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

本片由三个关于自杀的故事组成。Fumiko到伍先生的公司当会计，发现伍先生及其妻行为怪异，其后才知两人已于两周前自杀死去。故事二：Gigi发现悟空与她的死党佩佩相恋，一怒自杀，死后才发现悟空故意令她自杀以图夺取她的保险金。故事三：维修电梯的Lift皇因狂热工作而冷落了妻子阿菲，在Gigi安排下阿菲竟想自杀，幸得Lift皇及时将她救回。

中学时代是每个人最青春热血的时期，亦是最迷茫的时期。看似无忧无虑，但青春期的躁动，令每个人都有着无法说出的烦恼。初出茅庐的女辅导心理学家Miss Wong（王灏儿饰演）加入本我学院，接触一班有着各种青